Bien entendu, il ne faut pas en déduire que Secret Agent Clank est un pur jeu d'infiltration et il ne nécessite évidemment pas autant de doigté qu'un Metal Gear Solid. En réalité, le jeu fonctionne plutôt sur le ton de l'humour bon enfant et de la parodie. Les clins d'oeil aux aventures de Snake sont d'ailleurs fréquents, tout comme les références à James Bond. De ce point de vue, Secret Agent Clank est un jeu extrêmement plaisant à jouer : l'aventure est relativement variée, les mini-jeux toujours agréables et jamais vraiment difficiles (avec une mention toute spéciale à Robot Rythmique, la parodie de Dance Dance Revolution).

Fondamentalement, Secret Agent Clank n'est pas si différent qu'une aventure de Ratchet & Clank. Le rythme de jeu est un peu différent et l’ensemble est un peu moins orienté action pure. On retrouve cependant de nombreux éléments communs comme la collecte des boulons qui permettent d'acheter divers objets et compétences, mais aussi un système de progression de planète en planète identique. Enfin, de nombreux personnages récurrents de la série apparaissent dans le jeu, le Capitaine Qwark en tête.